Genetic diversity of cultivated accessions and wild species of rubber tree using EST‑SSR markers

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dc.contributor.authorPerseguini, Juliana Morini Küpper Cardoso
dc.contributor.authorRomão, Lineu Roberto de Castro
dc.contributor.authorBriñez, Boris
dc.contributor.authorScaloppi Junior, Erivaldo José
dc.contributor.authorGonçalves, Paulo de Souza
dc.contributor.authorBenchimol, Luciana Lasry
dc.date.accessioned2024-05-16T20:52:07Z
dc.date.available2024-05-16T20:52:07Z
dc.date.issued2012
dc.description.abstractThe objective of this work was to evaluate the efficiency of EST‑SSR markers in the assessment of the genetic diversity of rubber tree genotypes (Hevea brasiliensis) and to verify the transferability of these markers for wild species of Hevea. Forty‑five rubber tree accessions from the Instituto Agronômico (Campinas, SP, Brazil) and six wild species were used. Information provided by modified Roger's genetic distance were used to analyze EST‑SSR data. UPGMA clustering divided the samples into two major groups with high genetic differentiation, while the software Structure distributed the 51 clones into eight groups. A parallel could be established between both clustering analyses. The 30 polymorphic EST‑SSRs showed from two to ten alleles and were efficient in amplifying the six wild species. Functional EST‑SSR microsatellites are efficient in evaluating the genetic diversity among rubber tree clones and can be used to translate the genetic differences among cultivars and to fingerprint closely related materials. The accessions from the Instituto Agronômico show high genetic diversity. The EST‑SSR markers, developed from Hevea brasiliensis, show transferability and are able to amplify other species of Hevea. O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência de marcadores EST‑SSR na determinação da diversidade genética de genótipos de seringueira e verificar a transferibilidade destes marcadores para espécies silvestres de Hevea. Foram utilizados 45 acessos de seringueira (H. brasiliensis) do Instituto Agronômico e seis espécies silvestres. As informações fornecidas pela distância genética de Roger modificada foram usadas para analisar os dados de EST‑SSR. O agrupamento UPGMA dividiu as amostras em dois grandes grupos com alta diferenciação genética, enquanto o programa Structure distribuiu os 51 clones em oito grupos. Foi possível traçar um paralelo entre ambos os métodos de agrupamento. Os 30 EST‑SSRs polimórficos mostraram de dois a dez alelos e foram eficientes em amplificar as seis espécies silvestres. Microssatélites funcionais EST‑SSR são eficientes na avaliação da diversidade genética entre clones de seringueira e podem ser usados para traduzir diferenças genéticas entre cultivares e para gerar perfis genéticos de materiais próximos. Os acessos do Instituto Agronômico apresentam elevada diversidade genética. Os marcadores EST‑SSR, desenvolvidos para Hevea brasilensis, apresentam transferabilidade e são capazes de amplificar outras espécies de Hevea.
dc.identifier.issn0100-204X
dc.identifier.otherS0100-204X2012000800008-scl
dc.identifier.urihttps://repositorio-aptaregional.agricultura.sp.gov.br/handle/123456789/1748
dc.relation.ispartofPesquisa Agropecuária Brasileira
dc.subjectanálise de caracterização genética
dc.subjectestrutura genética
dc.subjectmarcadores moleculares funcionais
dc.subjectconteúdo de informação polimórfica
dc.subjecttransferabilidade
dc.subjectfingerprinting analysis
dc.subjectgenetic structure
dc.subjectfunctional molecular markers
dc.subjectpolymorphism information content
dc.subjecttransferability
dc.titleGenetic diversity of cultivated accessions and wild species of rubber tree using EST‑SSR markers
dc.typeArtigos
oaire.citation.endPage1094
oaire.citation.issue8
oaire.citation.startPage1087
oaire.citation.volume47

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