Navegando por Autor "Nakamura, Alex Akira"

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    Identification of Eimeria spp. in domestic chickens raised in alternative poultry production systems in the State of São Paulo, Brazil
    (2023) Soares Júnior, José Carlos; Itoyama, Bruno Ferraz; Beretta, Bruna Matarucco Sampaio; Hossotani, Camila Michele de Souza; Silva, Maria Santa Cardoso; Silva, Giane Serafim da; Nakamura, Alex Akira; Lopes, Flávia Lombardi; Meireles, Marcelo Vasconcelos
    Abstract The objective of this study was to identify Eimeria spp. in alternative poultry production systems (APPS) in the State of São Paulo, Brazil. Fecal samples (168) and DNA extracted from fecal samples obtained in APPS located in different Municipalities in the State of São Paulo (93) were examined by microscopy or genera-specific PCR (ITS-1 locus). Samples positive for Eimeria spp. were examined using Eimeria lata, Eimeria nagambie, and Eimeria zaria species-specific PCR protocols (ITS-2 locus) and another E. lata-specific PCR (candidate IMP1 genomic locus) followed by molecular cloning (E. lata and E. zaria ITS-2 amplicons) and genetic sequencing. All positive DNA samples were also submitted to genera-specific nested PCR (18S rRNA gene) followed by next-generation sequencing to identify Eimeria spp. Eimeria nagambie, E. zaria, and Eimeria sp. were identified by ITS2-targeted species-specific PCRs and genetic sequencing. Next-generation sequencing identified, in order of prevalence: E. nagambie; Eimeria acervulina; Eimeria mivati; Eimeria praecox; Eimeria brunetti; Eimeria mitis; Eimeria sp.; Eimeria maxima; E. zaria, and Eimeria necatrix/tenella. Our results confirmed, for the first time in Brazil, the identification of E. nagambie, E. zaria, and Eimeria spp. ITS-2 and 18S rRNA gene sequences not yet described in Brazil. Resumo O objetivo deste trabalho foi identificar Eimeria spp. em galinhas domésticas criadas em sistemas de criação alternativos (SCA). Foram utilizadas 93 amostras de DNA e 168 amostras de fezes de galinhas provenientes de SCA, localizados em 17 municípios do estado de São Paulo. As amostras foram examinadas por microscopia ou PCR gênero-específica (locus ITS-1); aquelas positivas foram examinadas por PCRs espécie-específicas para Eimeria lata, Eimeria nagambie e Eimeria zaria (locus ITS-2), seguidas de clonagem (E. lata e E. zaria) e sequenciamento genético, e por outro protocolo de PCR específico para E. lata (locus IMP1). Adicionalmente, as mesmas amostras foram submetidas à nested PCR gênero-específica (gene 18S rRNA), seguida de sequenciamento de nova geração para identificação de Eimeria spp. Eimeria nagambie, E. zaria e Eimeria sp. foram identificadas pela PCR espécie-específica e sequenciamento genético. O sequenciamento de nova geração identificou, em ordem de prevalência: E. nagambie, Eimeria acervulina, Eimeria mivati, Eimeria praecox, Eimeria brunetti, Eimeria mitis, Eimeria sp., Eimeria maxima, E. zaria e Eimeria necatrix/tenella. Os resultados observados confirmaram, pela primeira vez no Brasil, a identificação de E. nagambie, E. zaria e de sequências de Eimeria spp. ainda não descritas no Brasil, referentes aos genes ITS-2 e 18S rRNA.
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    Identification of Eimeria spp. in domestic chickens raised in alternative poultry production systems in the State of São Paulo, Brazil
    (2023) Soares Júnior, José Carlos; Itoyama, Bruno Ferraz; Beretta, Bruna Matarucco Sampaio; Hossotani, Camila Michele de Souza; Silva, Maria Santa Cardoso; Silva, Giane Serafim da; Nakamura, Alex Akira; Lopes, Flávia Lombardi; Meireles, Marcelo Vasconcelos
    Abstract The objective of this study was to identify Eimeria spp. in alternative poultry production systems (APPS) in the State of São Paulo, Brazil. Fecal samples (168) and DNA extracted from fecal samples obtained in APPS located in different Municipalities in the State of São Paulo (93) were examined by microscopy or genera-specific PCR (ITS-1 locus). Samples positive for Eimeria spp. were examined using Eimeria lata, Eimeria nagambie, and Eimeria zaria species-specific PCR protocols (ITS-2 locus) and another E. lata-specific PCR (candidate IMP1 genomic locus) followed by molecular cloning (E. lata and E. zaria ITS-2 amplicons) and genetic sequencing. All positive DNA samples were also submitted to genera-specific nested PCR (18S rRNA gene) followed by next-generation sequencing to identify Eimeria spp. Eimeria nagambie, E. zaria, and Eimeria sp. were identified by ITS2-targeted species-specific PCRs and genetic sequencing. Next-generation sequencing identified, in order of prevalence: E. nagambie; Eimeria acervulina; Eimeria mivati; Eimeria praecox; Eimeria brunetti; Eimeria mitis; Eimeria sp.; Eimeria maxima; E. zaria, and Eimeria necatrix/tenella. Our results confirmed, for the first time in Brazil, the identification of E. nagambie, E. zaria, and Eimeria spp. ITS-2 and 18S rRNA gene sequences not yet described in Brazil. Resumo O objetivo deste trabalho foi identificar Eimeria spp. em galinhas domésticas criadas em sistemas de criação alternativos (SCA). Foram utilizadas 93 amostras de DNA e 168 amostras de fezes de galinhas provenientes de SCA, localizados em 17 municípios do estado de São Paulo. As amostras foram examinadas por microscopia ou PCR gênero-específica (locus ITS-1); aquelas positivas foram examinadas por PCRs espécie-específicas para Eimeria lata, Eimeria nagambie e Eimeria zaria (locus ITS-2), seguidas de clonagem (E. lata e E. zaria) e sequenciamento genético, e por outro protocolo de PCR específico para E. lata (locus IMP1). Adicionalmente, as mesmas amostras foram submetidas à nested PCR gênero-específica (gene 18S rRNA), seguida de sequenciamento de nova geração para identificação de Eimeria spp. Eimeria nagambie, E. zaria e Eimeria sp. foram identificadas pela PCR espécie-específica e sequenciamento genético. O sequenciamento de nova geração identificou, em ordem de prevalência: E. nagambie, Eimeria acervulina, Eimeria mivati, Eimeria praecox, Eimeria brunetti, Eimeria mitis, Eimeria sp., Eimeria maxima, E. zaria e Eimeria necatrix/tenella. Os resultados observados confirmaram, pela primeira vez no Brasil, a identificação de E. nagambie, E. zaria e de sequências de Eimeria spp. ainda não descritas no Brasil, referentes aos genes ITS-2 e 18S rRNA.
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    Validation of a one-tube nested real-time PCR assay for the detection of Cryptosporidium spp. in avian fecal samples
    (2022) Santana, Bruna Nicoleti; Ferrari, Elis Domingos; Nakamura, Alex Akira; Silva, Giane Serafim da; Meireles, Marcelo Vasconcelos
    Abstract The aim of this study was to validate a one-tube nested real-time PCR assay followed by genetic sequencing to detect and identify Cryptosporidium species and genotypes in birds. A total of 443 genomic DNA extracted from avian fecal samples were analyzed by one-tube nested real-time PCR and conventional nested PCR. By one-tube nested real-time PCR, 90/443 (20.3%) samples were positive for Cryptosporidium spp. In contrast, 36/443 (8.1%) samples were positive for Cryptosporidium spp. by conventional nested PCR. The analytical sensitivity test showed that one-tube nested real-time PCR detects approximately 0.5 oocyst (2 sporozoites) per reaction. An evaluation of analytical specificity did not reveal amplification of microorganisms that commonly present nonspecific amplification with primers used for the diagnosis of Cryptosporidium spp. The repeatability analysis showed the same result in 27 out of 30 samples (90%). As for the reproducibility of one-tube nested real-time PCR, 24 of the 30 samples examined (80%) showed the same result. All the 90 samples amplified by one-tube real-time nested PCR were successfully sequenced, leading to the identification of C. baileyi, C. galli, C. meleagridis, C. proventriculi, and Cryptosporidium avian genotype I. Genetic sequencing of conventional nested PCR amplicons was successful in 10/36 (27.8%) of positive samples. Resumo O objetivo deste trabalho foi validar um protocolo de nested PCR em tempo real em um tubo (nPCR-TR-1T) seguida de sequenciamento genético para detectar e caracterizar as espécies e genótipos de Cryptosporidium em aves. Um total de 443 amostras de DNA genômico, extraído de amostras fecais de aves, foi analisado pela nPCR-TR-1T e pela nested PCR convencional. Pela nPCR-TR-1T, foi observada positividade para Cryptosporidium spp. de 20,3% (90/443), em contraste com a nested PCR convencional, que apresentou positividade de 8,1% (36/443). O teste de sensibilidade analítica mostrou que a nPCR-TR-1T detecta aproximadamente 0,5 oocisto (2 esporozoítos) por reação. A avaliação da especificidade analítica não revelou amplificação de microrganismos que comumente apresentam amplificação inespecífica com primers utilizados para o diagnóstico de Cryptosporidium spp. O cálculo da repetibilidade evidenciou o mesmo resultado em 27 de 30 amostras (90%). Em relação à reprodutibilidade da nPCR-TR-1T, foi observado o mesmo resultado em 80% (24/30) das amostras examinadas. Foi possível realizar o sequenciamento em todas as 90 amostras amplificadas pela nPCR-TR-1T, com identificação de C. baileyi, C. galli, C. meleagridis, C. proventriculi e Cryptosporidium genótipo I em aves. O sequenciamento dos fragmentos amplificados pela nested PCR convencional foi possível em 10/36 (27,8%) das amostras positivas.