Navegando por Autor "Cobuci, Jaime Araújo"
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Item Análise de diversidade genética do gene da osteopontina em bovinos da raça girolando(2011) Mello, Fernanda de; Guimarães, Marta Fonseca Martins; Cobuci, Jaime Araújo; Silva, Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da; Braccini Neto, José; Paiva, Daisyléa de SouzaThe objective was to obtain the indices of genetic diversity for the SNP (single nucleotide polymorphism) of the 4 intron osteopontin gene (OPN) for 434 animals (87 bulls and 347 cows) participants in the Teste de Progênie da raça girolando (Girolando Progeny Test) in Brazil. For amplification, primers used were described for the Holstein breed, and differentiation of alleles C/T SNP that was obtained by PCR-RFLP. Genotype frequencies of TT (52.53%), CT (38.71%) and CC (8.76%) and allele frequencies of T (71.9%) and C (28.1%) indicate that the population is in Hardy-Weinberg principle (HWP). Although the OPN gene locus is in HWP, the higher frequency of allele T of SNP in these animals may suggest a setting-trend of allele T in the race. No difference was observed between the group of bulls and cows (F ST = -0.018), supporting the estimate of population balance. Considering the values estimated by the F IS (0.043), it is likely that high numbers of individuals homozygous for the T allele observed in the population occur because of possible inheritance of this allele coming from the zebu breed, rather than inbreeding. Thus, to better characterize the OPN gene polymorphism, assessments in a larger number of animals must be performed, since only animals that participated in the Progeny Test were assessed. Objetivou-se obter os índices de diversidade genética para o SNP (single nucleotide polymorphism) do íntron 4 do gene da osteopontina (OPN) para 434 animais (87 touros e 347 vacas) participantes do Teste de Progênie da raça girolando no Brasil. Para a amplificação, foram utilizados primers descritos para a raça holandesa, e a diferenciação dos alelos C/T desse SNP foi obtida por meio da técnica de PCR-RFLP. As frequências genotípicas TT (52,53%), CT (38,71%) e CC (8,76%) e as frequências alélicas de T (71,9%) e C (28,1%) indicam que a população encontra-se em Equilíbrio de Hardy-Weinberg (EHW). Apesar de o loco do gene OPN estar em EHW, a frequência superior do alelo T do SNP nesses animais pode sugerir uma tendência de fixação do alelo T na raça. Não foi observada diferenciação entre o grupo de touros e vacas (F ST = -0,018), corroborando a estimativa de equilíbrio da população. Considerando os valores estimados pelo F IS (0,043), é possível que ocorram altos números de indivíduos homozigotos para o alelo T observados na população, em virtude da provável herança desse alelo vindo da raça zebuína, e não a endogamia. Assim, para melhor caracterização do polimorfismo do gene OPN, devem ser realizadas avaliações em maior número de animais, uma vez que só foram avaliados animais participantes do teste de progênie.Item Efeitos genéticos e de ambiente em um rebanho do ecótipo Mantiqueira: I. Características reprodutivas(2006) Silva, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa; Cobuci, Jaime Araújo; Ferreira, William José; Oliveira, Paulo Rogério Palma de; Machado, Marco Antônio; Ferreira, Cezar ParreiraThe reproductive performance of Mantiqueira cows were analyzed using data of records of age of first calving (IPP), calving interval (IDP) and days open (PSERV). These data were the first five lactations of 1406 cows of Mantiqueira ecotype consisting of daughters of 113 sires, with calving from 1952 to 1997, from the Paraiba Valley Regional Center of Research in São Paulo State (APTA/SAA-SP) breeding program. Models to obtain least square means included fixed effects for year and season of birth (for IPP) or calving (for IDP and PSERV) and age, in addition to the random effect of sire and error. The models to obtain genetic parameters by REML methodology included fixed effects for year-season and age, in addition to the random effects of animal and error. The least square means ± standard error were 45.60 ± 8.14 months to the IPP, 460.56 ± 122.05 days to the IDP and 181.44 ± 110.31 days to the PSERV. Estimated values of heritabilities were: 0.13 (IPP), 0.01 (IDP), and 0.01 (PSERV). Foram estudados os registros da idade ao primeiro parto (IPP), intervalo de partos (IDP) e período de serviço (PSERV) provenientes das cinco primeiras lactações de 1.406 vacas do ecótipo Mantiqueira, filhas de 113 reprodutores, com partos entre os anos de 1977 e 1997, do Arquivo de Escrituração Zootécnica do Pólo Regional do Vale do Paraíba da Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios da Secretaria de Agricultura e Abastecimento do Estado de São Paulo (NPZGJRA/IZ/APTA/SAA-SP), no município de Pindamonhangaba. Os modelos usados para obtenção das médias dos quadrados mínimos incluíram, além dos efeitos aleatórios de reprodutor e do erro, os efeitos fixos de ano e estação de nascimento (IPP) ou ano e estação de parto (IDP e PSERV) e idade ao parto. Para a obtenção dos parâmetros genéticos pela metodologia REML, em análises de uni e bicaracterísticas, foram utilizados modelos que ajustavam os efeitos fixos de ano-estação e idade da vaca ao parto, além dos efeitos aleatórios de animal e do erro. As médias ajustadas ± erros-padrão foram: 45,60 ± 8,14 meses para a IPP; 460,56 ± 122,05 dias para o IDP; e 181,44 ± 110,31 dias para o PSERV. As herdabilidades foram: 0,13; 0,01; e 0,01, respectivamente, para IPP, IDP e PSERV.Item Estrutura populacional da raça Girolando(2014) Canaza-Cayo, Ali William; Lopes, Paulo Sávio; Silva, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da; Cobuci, Jaime Araújo; Torres, Robledo de Almeida; Martins, Marta Fonseca; Arbex, Wagner AntonioThe aim of this study was to evaluate the population structure of Girolando cattle in Brazil. The pedigree file contained 26,969 individuals, from which 3,031 were males and 23,938 were females. The average level of completeness of the pedigree in the current generation was of reasonable quality (61%). Inbreeding and average relatedness coefficients were low: 0.11 and 0.13%, respectively. Estimates of effective population size considering the full generations traced was 188, which is above the critical level range. The number of ancestors that contributed to the reference population was 9,457 animals, from which 457 explained 50% of the genetic variability of the population. The effective number of founders and the effective number of ancestors in this population were, respectively, 551 and 393. The average generation interval was 5.26 years, slightly higher in genetic pathways dam-son and sire-daughter. The inbreeding in the Girolando breed was of small magnitude, indicating that the current practices of mating were adequate during the study period. However, it is important to continue monitoring these coefficients in order to prevent loss of genetic variability O objetivo neste estudo foi avaliar a estrutura genética da população de bovinos da raça Girolando no Brasil. Analisou-se o arquivo de pedigree de 26.969 animais, composto de 3.031 machos e 23.938 fêmeas. O nível de conteúdo de informação do pedigree na geração atual foi 61%, mostrando ser de qualidade moderada. O coeficiente de endogamia médio e o coeficiente de relação médio da população Girolando foram 0,11 e 0,13%, respectivamente. O tamanho efetivo da população, considerando a geração completa traçada, foi 188, acima do nível crítico. Do total de 9.457 ancestrais que contribuíram para a população de referência, 457 explicaram 50% da variabilidade genética da população. O número efetivo de fundadores foi 551 e o de ancestrais 393. O intervalo médio de geração foi de 5,26 anos, sendo ligeiramente maior nas trilhas gaméticas mãe-filho e pai-filha. A partir dos coeficientes estimados, pode-se concluir que a endogamia nos rebanhos da raça Girolando foi de pequena magnitude e que as práticas de acasalamento foram adequadas durante o período avaliado. No entanto, é importante continuar com o monitoramento desses coeficientes a fim de prevenir perda de variabilidade genética